キウイフルーツが日本の港に到着すると、まず農林水産省の植物防疫所で「植物防疫法」に基づく検査が行われます。これは、輸入されたキウイフルーツに、日本に存在していない病害虫が付着していないかどうかを調べるものです。植物防疫所での検査に合格すると、次に厚生労働省の検疫所で「食品衛生法」に基づく検査が行われます。検疫所では輸入届出の際に提出された書類の審査を行い、食品衛生法に適合していれば輸入を許可します。残留農薬については、過去に違反例のないキウイフルーツに対しては、一定量を計画的に抜き取るモニタリング検査が行われています。

厚生労働省は食品衛生法に基づき、毎年「輸入食品監視指導計画」を定めて、輸入品の検査を行っています。なかでも農薬については、平成18年5月29日から「ポジティブリスト制度」が導入されて規制が強化されました。これによって、以前の3倍近い数の農薬に対して基準が定められました。残留基準がない農薬等については、一律基準（0.01ppm）で規制されています。キウイフルーツは、332農薬について残留基準が設定され（2006年5月現在）、これらの基準が守られているかどうか、輸入時には検疫所で、国内流通してからは地方自治体によって検査が行われています。

農薬については、動物実験による急性毒性、亜急性毒性、慢性毒性、発がん性、繁殖毒性、催奇形性など、数々の毒性試験が行われています。そして、全ての試験において、動物が一生涯にわたって毎日食べ続けても何の毒性影響も現れない量、「無毒性量」を調べます。さらに、人間と動物との差、また人間同士の個人差などを考慮し、通常100分の1の安全係数を掛け、1日摂取許容量「ADI」（Acceptable Daily Intake）を算出します。ADIは、人間が一生涯に渡って毎日食べ続けても何ら毒性影響も認められないと判断される量を表します。
安全性の確保のため、残留農薬基準は、ADIの80％を超えない範囲に設定されているのです。

ポストハーベスト農薬とは、病害虫による被害を防ぐために、収穫後の農産物に使用される農薬です。保存性を高める目的で薬剤を使用する場合は、厚生労働省の食品衛生法第4条に基づいて食品添加物とみなされ、日本でも使用が認められています。ただし使用できる果物はバナナやかんきつ類に限られ、キウイフルーツには使用が認められていません。キウイフルーツは低温でCA貯蔵することにより、収穫後の品質を劣化させずに長期間の保存が可能です。したがってポストハーベスト農薬を使用する必要がないのです。